Prêtre dans le Rouergue, il enseigna l'histoire naturelle à Rodez.

Il fut l'un des premiers naturalistes français à rompre avec l'école de Buffon pour adopter le système linnéen. Il participe à la partie ornithologique (1790-1792) et ichtyologique de l'encyclopédie intitulée Tableau encyclopédique et méthodique des trois règnes de la nature.

Bonnaterre a découvert 25 espèces de poissons et 400 sont illustrées dans son travail encyclopédique.