Carl ou Karl Gegenbaur, né le 21 août 1826 à Wurtzbourg et mort le 14 juin 1903 à Heidelberg, est un anatomiste allemand.
En 1855, il enseigne l'anatomie à Iéna, puis à partir de 1858 à Heidelberg où il dirige également l'Institut d'anatomie.
Son œuvre la plus connue est son "Grundzüge der vergleichenden Anatomie", publié à Leipzig en 1874. Il met en lumière l'importance de l'embryologie pour l'étude de l'évolution en se basant sur l'anatomie comparée des organes homologues (il s'agit des organes similaires d'un groupe zoologique à un autre : les pattes avant des mammifères, les ailes des oiseaux, etc.).
Parmi ses autres œuvres, on peut citer un manuel d'anatomie humaine (1883), une étude comparative entre l'anatomie des Vertébrés et celles des Invertébrés.