Le rôle principal des branchies est d'assurer la fonction respiratoire et donc d'échanger avec le milieu aquatique l'oxygène et le gaz carbonique. La couleur des lamelles branchiales témoigne d'un flux important de sang, leur nombre et leur forme offrent une surface d'échange optimale.

Les poissons possèdent le plus souvent cinq paires de branchies qui communiquent avec le pharynx. Ces branchies sont dites "internes" car elles sont couvertes par les opercules. La synchronisation des mouvements de la bouche et des opercules assure la circulation de l'eau à travers les lamelles branchiales (apport d'oxygène).